|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Kosíř, Kamil ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních 30 letech zaznamenala fylogenetika velký rozvoj. Počítače se staly silnější a lépe dostupné a spolu s více sofistikovanými algoritmy přichází snaha vědců zrekonstruovat z velkého množství fylogenetických dat kompletní strom života. Právě pro tyto účely vznikají fylogenetické superstromy, které umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Cílem této práce je nalezení a sestrojení metody konstrukce superstromu, která bude dávat přesné výsledky.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Klasifikace organismů na základě nukleotidových četností
Kremličková, Lenka ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá klasifikací organismů na základě nukleotidové četnosti. Cílem práce je seznámit se s problematikou vyhodnocení příbuznosti organismů na základě podobnosti DNA sekvencí, navrhnout a realizovat v programovém prostředí Matlab algoritmus pro klasifikaci organismů na základě klasické fylogenetické metody, základních i pokročilých numerických metod a tyto metody mezi sebou porovnat.
|
|
|
Bootstrappingové metody ve fylogenetice
Sedlář, Karel ; Vohánka,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních desetiletích zaznamenala fylogenetická rekonstrukce velký rozvoj. Použitím nově získaných molekulárních znaků a počítačového zpracování bylo dosaženo toho, že začala být brána jako objektivní věda. Rychlý vývoj však ukázal, že je potřeba výsledky vyhodnotit, neboť nové techniky vytvořily fylogramy i z nespolehlivých dat. Pro tyto účely byly do fylogenetiky aplikovány vzorkovací statistické metody, z nichž později začal převládat bootstrapping. I ten má však omezení, se kterými je nutno počítat při interpretaci výsledků, které nám poskytl. Spojením principů bootstrappingu a konsenzuálních stromů však lze získat fylogramy, jejichž vlastnosti jsou lepší než vlastnosti klasických fylogramů jak prokazuje tato práce.
|
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Jirásková, Kristýna ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Fylogenetika v posledních desetiletích zaznamenala velký rozvoj. Vývojem počítačů a přístrojů pro sekvenování biopolymerů bylo získáno ohromné množství fylogenetických dat z různých zdrojů a odlišných typů. Snahou vědců je zrekonstruovat z těchto dat kompletní strom života. Fylogenetické superstromy tuto možnost teoreticky představují, jelikož na rozdíl od fylogenetických stromů umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Tato práce představuje metodu konstrukce superstromů metodou průměrného konsensu.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Genetická diverzita zástupců rodu Euphorbia L.
Mityagina, Maria
Díky potenciálu analýzy DNA máme nyní výjimečnou příležitost pochopit evoluční historie druhů a jejich vzájemné propojení po celém světě. V moderní době slouží molekulárně-biologický výzkum jako doplněk, a v některých případech i náhrada, tradičních klasifikačních metod, které se spoléhaly pouze na vnější morfologické charakteristiky. S využitím těchto znalostí můžeme efektivně sledovat původ a geografické rozšíření organismů, stejně jako změny v jejich genetické informaci. Všechny tyto faktory přispívají k diverzifikaci druhu. V této studii jsme aplikovali evoluční genetiku na čeleď Euphorbiaceae. Z ní poté byli vybrány tři zástupci rodu Euphorbia L. a pomoci PCR analýzy s primery pro oblasti jaderné a chloroplastové DNA byla zjištěna příbuznost těchto druhů s druhy z databáze GenBank (Euphorbia ramipressa (K265), Euphorbia inarticulata (K266), Euphorbia tortirama (K267)).
|
|
|
Evolúcia socio-kultúrnych adaptací člověka: Fylogenetická medzi-kultúrna perspektíva
ŠAFFA, Gabriel
This thesis investigates the adaptive significance of seemingly maladaptive human behaviors or cultural norms that are often viewed as responses to intra- and inter-sexual conflict. It combines behavioral ecological approach with phylogenetic comparative methods to study evolutionary origins and maintenance of these practices, using samples of ethnographically documented human societies. The thesis is divided into three sections. The first section is the introduction to evolutionary sciences of human behavior, including an overview of the theoretical perspectives and a critical evaluation of the methodological approaches to macro-evolutionary studies of human behavior and culture. The second section consists of three chapters - two published research papers and a manuscript that is currently under review. The first paper investigates female and male genital mutilation/cutting practices, their evolutionary history, and socio-ecological correlates; the second paper investigates restrictions on female premarital sex and evaluates the three hypotheses explaining them - male, female, and parental control hypothesis; the third paper investigates the causes of socially imposed monogamy and evaluates the competing hypotheses explaining its prevalence in stratified, agricultural societies. The last section summarizes the results of the three studies and concludes with perspectives of future research.
|
|
|
Diverzita, rozšíření a genetická struktura tribu Pipistrellini
Eliášová, Kristýna ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Fornůsková, Alena (oponent)
Tato literární rešerše diskutuje fylogenetické vztahy v rámci čeledi Vespertilionidae, s podrobným zaměřením na tribus Pipistrellini a následně vztahy jednotlivých rodů a druhů uvnitř tohoto tribu. Obsahuje historický přehled snahy o rozřešení fylogenetických vztahů uvnitř taxonu nejprve na základě morfologických studií, porovnání karyotypu a nejnověji na základě genetických markerů. Mitochondriální genetické markery jsou užitečné při studiu fylogeografie, jak tato práce ukazuje na příkladu druhového komplexu Pipistrellus pipistrellus s.l. a na druzích Nyctalus azoreum, Nyctalus leisleri, Nyctalus noctula a Pipistrellus abramus. Dále tato práce popisuje současnou distribuci jednotlivých taxonů tribu, fosilní záznam a migrační chování evropských temperátních druhů, dané do souvislosti s jejich populační strukturou (též studovanou u některých druhů pomocí mtDNA a mikrosatelitů) a v příloze zobrazuje areály rozšíření všech pěti rodů tribu Pipistrellini. Klíčová slova: Pipistrellini, fylogenetika, fylogeografie, distribuce, populační struktura
|
|
|
Ptačí schistosomy a cerkáriová dermatitida v České republice: rozšíření, druhová diverzita a faktory ovlivňující jejich výskyt
Pokrupová, Zuzana ; Bulantová, Jana (vedoucí práce) ; Soldánová, Miroslava (oponent)
Cerkáriová dermatitida (CD) se projevuje jako intenzivně svědivá vyrážka vznikající obvykle po koupání v přírodních nádržích, kde značně znepříjemňuje rekreaci. Následkem může být až nucené uzavírání koupališť kvůli vodě nevhodné ke koupání a CD tak může vést i k finančním ztrátám. Obdobně se může nákaza objevit také u osob, které v přírodních nádržích vykonávají svá povolání (plavčíci na přírodních koupalištích, osoby monitorující vodní organismy nebo kvalitu vody atp.). Záchyty cerkáriové dermatitidy jsou v České republice v současné době četnější, než tomu bylo v minulosti. Z těchto důvodů se téma ptačích schistosom a CD dostává stále více do popředí zájmu vědců, ale také pracovníků hygienických stanic a zdravotních ústavů, jejichž povinností bude na základě zákona č. 258/2000 Sb. o ochraně veřejného zdraví a související prováděcí vyhlášky č. 238/2011 Sb. schválené v letošním roce i pravidelný monitoring výskytu původců CD na koupalištích. Pro ucelený přehled o dosavadním výskytu ptačích schistosom a CD na lokalitách v České republice byla za pomoci dat získaných z odborných článků, závěrečných prací studentů vysokých škol, záznamů hygienických stanic a zdravotních ústavů, vlastních sběrů, komunikací s laickou i odbornou veřejností a informací ze sdělovacích prostředků v programu ArcGIS Online...
|
host ::
RSS.